Necessaria per la commercializzazione di sementi di specie agrarie che hanno un Registro Varietale o Catalogo La certificazione è delegata all'organismo di controllo autorizzato (in Italia, ENSE). A partire dal seme prodotto dalla selezione conservatrice (Nucleo), le categorie certificate sono: Pre-Base (PB), Base (B), 1° riproduzione (R1) e 2° riproduzione (R2). Al di fuori di queste categorie non è possibile commercializzare semente destinata alla semina, ma solo per uso zootecnico". Per le specie che non hanno registro (per esempio molte specie orticole: la lenticchia, il farro dicocco, ecc..) è possibile la commercializzazione di semente definita "standard", per la quale il produttore dichiara la specie, la denominazione della varietà o della popolazione, la provenienza, l'anno di produzione del seme. In questo caso non c'è controllo da parte dell'ENSE.